O Banco de Tecidos do IOT, pioneiro no País, foi criado para ser um centro de capacitação e distribuição de tecidos do sistema músculo-esquelético. Subordinado ao Departamento de Ortopedia e Traumatologia (DOT) da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, está ligado à Comissão de Transplante de Órgãos e Tecidos (CTOT) e cadastrado junto à Secretaria de Saúde do Estado de São Paulo.
Seu objetivo é captar e processar tecido ósseo, cartilagem, fáscias e ligamentos, para beneficiar pacientes ortopédicos em tratamento por tumores ósseos ou por falta de determinados segmentos ósseos secundários a procedimentos ortopédicos realizados anteriormente. O Banco de Tecidos desenvolve também atividades de ensino na graduação e pós-graduação médica e de pesquisa básica e tecnológica.
Há no IOT toda a infra-estrutura e os recursos humanos necessários para as atividades realizadas, com centro cirúrgico próprio, totalmente isolado, para o preparo do material coletado nas captações ósseas em ambiente asséptico, garantindo a esterilização dos implantes. O controle é rigoroso, com manutenção da temperatura e monitoramento em gráfico, para avalizar a qualidade dos enxertos antes e após seu processamento.